Basado en:
Debería ser un correo electrónico o nombre de usuario por línea y, mirando el código, no necesitas comas.
Lo que hiciste inicialmente debería funcionar. 
¿Viste “Tu CSV fue recibido y x usuarios recibirán su insignia en breve”?
Además, ten en cuenta en breve; esto no es inmediato. Creo que hay una cola de trabajos y es posible que tengas que esperar un día. Puedes activar manualmente el trabajo BadgeGrant en la página /sidekiq/scheduler. Debería vaciar la cola.