S3 を有効にしており、画像や mp3 ファイルについては正常に動作していますが、PDF や非標準の音声拡張子（.oga など）をアップロードすると、ローカルの /uploads/short-url/whatever.pdf に保存されてしまいます。
これはバグでしょうか、それとも意図した動作でしょうか？意図した動作の場合、すべてのアップロードを S3 に保存させる方法はありますか？
アップロードは引き続き S3 に保存されています。そのルートは、ちょっとした工夫を施した単なるリダイレクトです。セキュリティを強化するためにこの方式を採用しており、ダウンロードするにはフォーラムにログインし、該当の投稿へのアクセス権限を持っている必要があります。