Hallo @Aaron_Walsh 
Bist du auf der neuesten Version von Discourse? (3.1.0 stable oder 3.2.0.beta1-dev) Und hast du es im abgesicherten Modus versucht?
Ich habe einen Farbmoduswechsler auf meiner Entwicklungsinstanz, der wie erwartet mit dem Wechsel von dunklen und hellen Logos funktioniert.