Puedes restablecer esta preferencia para los usuarios que la cambiaron con este script de Rails:
UserOption.where.not(dark_scheme_id: nil).find_each do |uo|
uo.update(dark_scheme_id: nil)
end
Lo usé con éxito en mi instancia de prueba, pero ten en cuenta que no soy un experto en Rails y, por supuesto, siempre haz una copia de seguridad primero. 