Você pode redefinir essa preferência para os usuários que a alteraram com este script do Rails:
UserOption.where.not(dark_scheme_id: nil).find_each do |uo|
uo.update(dark_scheme_id: nil)
end
Eu o usei com sucesso na minha instância de teste, mas lembre-se de que não sou um especialista em Rails e, claro, sempre faça um backup primeiro. 