Puedo reproducir el problema en el OP también. 
No creo que el antiguo estilo de la página de tema/componente de tema deba ser accesible a través de un enlace de interfaz de usuario en ningún lugar. Creo que todos deberían apuntar a la nueva versión actualizada de ‘configuración’.
Creo que los enlaces en las advertencias de administrador también te envían al antiguo estilo.
Un par de capturas de pantalla para comparar:
Nuevo:
Antiguo:
ETA:
Ah, puede que haya malinterpretado lo que quisiste decir cuando dijiste que los enlaces estaban bien. No estoy seguro. 
Si es así, la única información útil en esta publicación puede ser que esto también sucede para las advertencias de administrador en el panel de control.
Enlazando otra publicación que lo informa Introducing a new visual layout for themes and theme components - #19 by Moin