El problema es que cada notificación leída tiene un color de fondo diferente, que también debe sobrescribirse. Esto debería ayudar además de tus otros cambios
.user-menu .quick-access-panel .read {
background: transparent;
}
De manera similar, con la entrada de búsqueda, se aplica un fondo separado allí que debe eliminarse:
.search-menu .search-input, .search-menu-container .search-input {
background: transparent;
}
Tenemos una guía que explica cómo realizar cambios de CSS como estos, que puede ser de ayuda, Making custom CSS changes on your site