Il problema è che ogni notifica letta ha un colore di sfondo separato, che deve anch’esso essere sovrascritto. Questo dovrebbe aiutare, in aggiunta alle altre modifiche che hai apportato.
.user-menu .quick-access-panel .read {
background: transparent;
}
Lo stesso vale per il campo di ricerca: viene applicato un colore di sfondo separato anche lì, che dovrà essere rimosso:
.search-menu .search-input, .search-menu-container .search-input {
background: transparent;
}
Abbiamo una guida che spiega come apportare modifiche CSS di questo tipo, che potrebbe esserti utile: Making custom CSS changes on your site