O problema é que cada notificação de leitura tem uma cor de fundo diferente, que também precisa ser sobrescrita. Isso deve ajudar, além das suas outras alterações
.user-menu .quick-access-panel .read {
background: transparent;
}
Da mesma forma, com a entrada de busca, há um fundo separado aplicado lá que precisaria ser removido:
.search-menu .search-input, .search-menu-container .search-input {
background: transparent;
}
Temos um guia que explica como fazer alterações de CSS como essas, que pode ser útil: Making custom CSS changes on your site