サイトでは、secondary変数が次のように設定されていることがわかります。
一方、デフォルトの色は #ffffff でした。
あなたの色（eef47f）は、アップデート以降使用されているハイライトの色に非常に近く、そのため違いが見えなくなっています。
以下のことができます。
ソリューション 1
secondary変数をデフォルトに戻します。これによりサイト全体の見た目に影響があり、ライトブルーの背景が白に戻ります。
ソリューション 2
CSSで特定のハイライト変数にターゲットを設定し、コントラストの高い別の色に変更します。
使用されている変数は次のとおりです。
background-color: var(--d-unread-notification-background);