Recomiendo poner las copias de seguridad en S3. Si haces eso, entonces si tienes tus archivos yml puedes iniciar un nuevo servidor, clonar Discourse y reconstruir con la última copia de seguridad.
Puedes ver Configurar copias de seguridad automáticas para Discourse y Configurar un proveedor de almacenamiento de objetos compatible con S3 para cargas (y hacer solo la parte de las copias de seguridad).