/var/www/discourse/public estaba en el disco de datos, donde había mucho espacio, pero creo que arruiné una actualización (ya que nadie más parece haberse quejado), y /var/www/discourse/public/backups tenía un enlace simbólico al disco del sistema operativo antiguo, donde solo quedaban 7 GB libres.
Me llevó mucho tiempo darme cuenta, espero que esto ayude a alguien más a llegar más rápido.