Grazie, questo ha risolto il problema per me.
Ho applicato la soluzione temporanea direttamente in app.yml tramite after_bundle_exec, fissando aws-sdk-s3 alla versione 1.177.0 e aws-sdk-core alla 3.215, quindi ho ricompilato il contenitore. Da allora, i backup manuali su Cloudflare R2 sono di nuovo riusciti e anche i caricamenti dal browser, che prima fallivano, ora funzionano.
Nel mio caso, gli errori si presentavano come multipart upload failed: undefined method 'downcase' for nil con aws-sdk-s3 1.182.0.
Apprezzo molto la soluzione temporanea.