CSPポリシーによりJSファイルがブロックされる問題

ここには実際にはメリットやインセンティブはありません。

Cloudflare が CDCK の開発者よりも Discourse のコードを最適化できるとお考えのようですが、その根拠は何でしょうか?

Cloudflare はキャッシュとしては問題ありませんが、すべてのパフォーマンス機能を無効にしないと、インストールは完全にサポート対象外となります。