Если темы не включены в список, то не имеет значения, что категория видна.
Похоже, вам нужен способ встроить комментарии Discourse на другом сайте с помощью JavaScript, но при этом эти темы по умолчанию не должны быть включены в список.
Возможно, это можно реализовать с помощью плагина автоматизации или, возможно, небольшого плагина, который автоматически скрывает темы, созданные в определённой категории.
Также может быть достаточно, чтобы они по умолчанию были отключены от уведомлений.