Sí, puedes decir que con App.yml puedes crear copias de seguridad y nombrarlas según tus necesidades.
Si estás cambiando una sección en particular, también puedes añadir comentarios. Yo, como autoalojado, tengo mis plugins organizados por oficiales, pavilion y otros. Añado un comentario al instalar un nuevo plugin en la sección apropiada.
Sin embargo, otros pueden tener mejores ideas que las mías.