Si un usuario responde desde una dirección diferente a la que recibió el correo, esto es esperado.
Si permitiéramos respuestas a estos correos desde otra dirección de correo, estaríamos exponiendo las cuentas a abusos por correo electrónico, con otras personas haciéndose pasar por un usuario. Nos encontramos con este problema a veces en nuestros propios mensajes de soporte aquí en meta.
Si se utilizan formularios de contacto por correo, generalmente envían desde una dirección de correo y establecen la cabecera Reply-To, lo que significa que nos enfrentamos al mismo problema mencionado anteriormente.
Personalmente no tengo una solución ideal en mente; quizás alguien más del equipo tenga alguna idea.