Olá.
Quando começamos a rolar a página, a classe docked aparece na tag <body>.
Mas quando voltamos a rolar até o topo, a classe docked permanece.
Isso é o esperado? 
Gostaria de deixar o cabeçalho diferente quando ele ficar fixo, mas atualmente não consigo fazer isso por causa disso.
Talvez o @awesomerobot saiba?
Se eu me lembro corretamente, a classe docked é destinada ao conteúdo adicional adicionado ao cabeçalho (na seção Header de um tema). Você pode adicionar uma linha de texto ao Header para ver a classe aparecer/desaparecer conforme o esperado.
Portanto, a menos que você tenha conteúdo personalizado no cabeçalho, o cabeçalho fica fixo ao rolar e permanece assim permanentemente.
Há algum tempo atrás (acho que mais de 4 anos), desfixamos o cabeçalho no topo da página… mas isso regrediu, passou despercebido por muito tempo e, então, decidimos adotar a regressão.
Provavelmente podemos melhorar isso. O comportamento atual causa um pequeno “salto” inicial ao rolar pela primeira vez (faça uma atualização completa para ver)… mas precisamos ter muito cuidado para não quebrar todas as personalizações de cabeçalho existentes por aí (existem muitas!). Pode fazer sentido esperar um pouco mais (até que abandonemos o IE11) e, em seguida, buscar melhorias mais significativas junto com isso, como usar position: sticky; em vez de fixed.
Não tenho certeza se sua resposta também implica isso, mas no futuro, seria ótimo se fosse possível ter uma classe específica quando o cabeçalho ficar fixo. Muitos sites hoje em dia usam cabeçalhos grandes e altos, e já me pediram várias vezes para personalizar um fórum Discourse para ter esse tipo de cabeçalho. Mas um cabeçalho alto significa que ele precisa ser redimensionado ao rolar a página, e uma classe pré-existente seria perfeita para isso.
Ah, sim, desculpe, eu não deixei isso muito claro. Eu realmente acho que seria algo útil que deveríamos adicionar!