ああ、それで納得です。
この問題は、それらの設定値を同じにしてはいけないため発生しました。セットアップトピックで「アップロードとバックアップには本当に別々のバケットが必要ですか？」という行を検索してください。
バックアップバケットの内容に対してメンテナンスジョブが実行され、値が重複していたため、アップロードにも影響が出ました。
@sam コードで強制すべきですね。ドキュメントだけでは不十分です。
サイトを修復するには、以下の2つの手順が必要です。
まず、バックアッププレフィックスを変更します。セットアップトピックに記載されている通り、末尾に /backups を追加するだけで十分です。
次に、S3 バケット内のすべてのデータを正しい場所に移動します。トップレベルの「default」フォルダにあるものは、すべてトップレベルに戻してください。
例えば、「default/originals」フォルダがあるはずなので、それを上位階層に移動する必要があります。
バケットを閲覧するには、AWS 管理コンソールまたは他のツールを使用する必要があります。