Tuve este problema hoy mismo en https://community.wanikani.com/ también, al menos en el móvil. Después de visitar el nuevo tema y navegar fuera, el título se volvió gris como si ya lo hubiera leído, pero aún tenía el punto azul que indica que está sin leer.
@Stephen No creo que haya visto este problema antes, ni siquiera al usar el botón atrás del navegador.