Creo que lo que sugieren es que si un plugin que ya estaba incluido con el núcleo se listara en app.yaml, simplemente se ignoraría. Con una notificación que indicara que incluirlo en app.yaml era redundante y que el propietario podría eliminarlo.
Yo también encuentro un poco molesto que mientras tenga cualquier plugin listado en mi app.yaml, siempre corro el riesgo de una actualización fallida. Así que cada vez que hago la actualización, necesito verificar dos veces para ver si alguno de mis plugins ha sido agregado al núcleo.