Acho que o que eles estão sugerindo é que, se um plugin que já estava incluído no núcleo fosse listado em app.yaml, ele seria simplesmente ignorado. Com uma notificação afirmando que incluí-lo em app.yaml era redundante e o proprietário poderia removê-lo.
Eu também acho um pouco irritante que, desde que eu tenha quaisquer plugins listados em meu app.yaml, eu sempre corro o risco de uma atualização falhar. Portanto, toda vez que faço a atualização, preciso verificar novamente para ver se algum dos meus plugins foi adicionado ao núcleo.