El complemento cakeday no está incluido en la versión 3.5.4, por lo que esa es la razón por la que ya no lo ves.
¿Estás seguro de que esa es la razón por la que empezaron a fallar? Si viste algo como:
PISTA: El complemento ‘$plugin’ ahora está incluido con Discourse y no debe incluirse en la configuración de su contenedor
Entonces, me temo que eso se mostrará para cualquier reconstrucción fallida cuando el complemento cakeday esté incluido en el archivo de configuración. Esta fue la forma más eficiente que pudimos encontrar para advertir a las personas sobre el problema, pero puede ser confusa para las personas que ejecutan versiones anteriores del núcleo.
Así que, si necesitas el complemento cakeday, creo que deberías poder volver a agregarlo a tu archivo app.yml y reconstruir. Sospecho que el fallo fue causado por otra cosa, que ya has resuelto.
Como comentario al margen: te recomendaría encarecidamente que actualices a una versión compatible. La versión 3.5 ya no recibe actualizaciones de seguridad y puede ser vulnerable a ataques.