Als unerwartete Lösung käme eine einzelne Instanz mit 2 Kategorien in Frage – eine für jede der übergeordneten Websites. Dies würde all die oben genannten Probleme umgehen.
Es gibt viel Spielraum, um Kategorien und Themen, die sich innerhalb dieser Kategorie befinden, über einfaches CSS mit der Klasse category-category_slug zu gestalten.
Wenn Sie eine der beiden als „Standard“ oder Startseite für eine Gruppe von Benutzern festlegen möchten, dann wäre Custom Homepage for Groups das richtige Werkzeug dafür.