Viniendo de la nada, una solución mucho más simple sería tener una sola instancia con 2 categorías: una para cada uno de los sitios principales. Esto evitaría todos los problemas mencionados anteriormente.
Hay mucho margen para estilizar categorías y temas dentro de esa categoría mediante CSS simple usando la clase category-category_slug.
Si desea que uno u otro sea el “predeterminado” o el hogar para un conjunto de usuarios, entonces Custom Homepage for Groups sería la herramienta que necesita.