¿Puedo hacer que un tema esté disponible solo para grupos de usuarios específicos?

Es posible. Pero es posible que tampoco lo hagan. Si la seguridad es una preocupación, necesitará un complemento personalizado para que el mod sea del lado del servidor y no del lado del cliente.

Si su comunidad, sin embargo, son usuarios avanzados, podrían crear un script de Tampermonkey y tematizarlo desde su navegador.