Eso es correcto. Discourse no sabe ni le importa dónde Docker guarda las cosas.
No es necesario mantener Discourse en /var/discourse a menos que te ocurra algo y alguien más necesite ayudarte, en cuyo caso pasará mucho tiempo buscando dónde lo has colocado.
Puedes colocar cualquiera de ellos en el volumen que prefieras (de nuevo, ni Docker ni Discourse saben realmente en qué volumen se encuentran).