その通りです。Discourse は Docker がどこにデータを格納しているかを知っているわけでも、気にしているわけでもありません。
バスに轢かれて誰かが助けに来るような事態に備えて、他の人がどこに置いたかを見つけるのに長い時間をかけさせたくない場合を除き、Discourse を /var/discourse に保持する必要はありません。
どちらのボリュームでも好きな場所に配置できます（繰り返しますが、Docker も Discourse も自分がどのボリューム上にあるかを本当には知りません）。