Можно ли избежать обновлений, которые заставляют отлаживать код через командную строку?

Должно было быть выведено предупреждение именно об этом. После этого вы могли бы перезапустить контейнер с помощью команды

./launcher start app

и более спокойно определить свои дальнейшие шаги.

У вас всё ещё может быть возможность запустить контейнер.

Однако, отвечая на вопрос из заголовка: нет, не совсем. Это было значительное изменение, и здесь были уведомления об этом. Периодически требуется обновление компонентов, которые находятся за пределами исходного кода Discourse и не могут быть обновлены через интерфейс пользователя.