Tu afirmación no es cierta y tu enlace no dice eso. La cuestión de la accesibilidad y lo que está prohibido son dos cosas totalmente diferentes.
Además, alrededor de millones de sitios, incluidas prácticamente todas las instalaciones de WordPress, demuestran que te equivocas.
Y hay más 
¿Sabes lo que hace googlebot con el contenido con y sin JS? A veces indexa ambos, pero utiliza la versión JS y sirve ese contenido como resultado de búsqueda.
Google solo advierte que los usuarios que no pueden ver JavaScript no pueden obtener ese contenido y eso no es bueno. Pero nunca ha penalizado por eso.
Por lo tanto, este tema no trata de SEO. Se trata firmemente de lo básico.