Haz una copia de seguridad completa de tu sitio y luego prueba con
cd /var/discourse
./launcher enter app
rails c
rake destroy:topics["Gear","Discussions"]
Donde Gear es tu subcategoría y Discussions es tu categoría principal.
Esto debería ser suficiente para eliminar todos los temas de esa subcategoría. Después de eso, deberías poder eliminar la subcategoría.