En el modal de edición de la categoría para la que estás intentando cambiar los permisos, revisa la pestaña “General”. Deberías ver una lista de las subcategorías de esa categoría. Algo así:
El mensaje de error que estás viendo significa que una o más de las subcategorías permiten que el grupo “todos” acceda a ellas. El grupo “todos” incluye a todos los usuarios de tu sitio. Tendrás que cambiar los permisos de la subcategoría para que solo puedan acceder los administradores, o eliminar la categoría principal de la subcategoría para que deje de ser una subcategoría de la categoría que estás intentando editar. Puedes eliminar la categoría principal aquí:

