Ele para abruptamente. Você não teria perdido. Minha suposição é que você resolveu inteligentemente o problema com /etc/hosts, o que satisfez o script, mas não permitiu que o Let’s Encrypt obtivesse um certificado. discourse-setup é um script shell e foi projetado para os usuários mais inexperientes, então seus testes são bastante ingênuos.
Talvez veja o tópico de instalação padrão?
EDIT: Bem, não há muito lá.
Que conselho de solução de problemas você quer adicionar? Acho que há algumas pistas lá. Supor que alguém criará uma entrada /etc/hosts e contornará a verificação de DNS é algo que nunca ouvi falar que alguém fizesse. 