Não é possível atualizar o e-mail via API – erro invalid_access

Você poderia implementar Single Sign On e fazer com que seu outro aplicativo seja a fonte de logins?

Existe uma configuração específica de SSO chamada sso overrides email que faz exatamente o que você está tentando realizar. Se você tiver o SSO configurado, poderá usar o endpoint sync_sso e passar o novo endereço de e-mail.