Primero: Esta es una instalación no compatible. En su mayoría, si no estás ejecutando una instalación estándar de Docker, estás por tu cuenta.
Pero dicho esto, esto es lo que creo que necesitas saber:
Necesitas pasar todas esas variables de entorno a tus contenedores de ECS. Puedes usar ./launcher start-cmd para que imprima esa información. El archivo app.yml se usa solo para construir la imagen. Esas variables no están incrustadas en el contenedor. Estoy bastante seguro de que, si haces lo necesario para pasar esas variables de entorno a tu contenedor, funcionará como esperas.
Nunca he realizado una instalación en ECS, pero parece que lo haré pronto. Me encantaría saber si eso funciona.
También preguntaste lo mismo aquí: Aws deployed discourse is fetching assets from database url - #18 by trying2survive y obtuviste la misma respuesta. 