Si estás de acuerdo con los cambios relativos en los tamaños de fuente, simplemente puedes establecer un tamaño de fuente diferente en el elemento :root, y los em se escalarán para ajustarse.
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¿Me estoy perdiendo algo o esto es simplemente un caso de no querer dar un pie a los temas y complementos? Declarar todas estas variables con !default parece una forma sencilla de permitir su sobrescritura.
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No creo que funcionara antes porque los estilos principales se compilaban antes de que un tema pudiera sobrescribirlos. Al menos con los colores era así… Sé que cambiaron algunas cosas sobre cómo compilamos SCSS, así que quizás ya no sea un problema.
También podemos cambiar esto a propiedades personalizadas de CSS, como hicimos con los colores, si !default no es suficiente.
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¡Vaya, tienes razón! Parece que las propiedades personalizadas sí son el camino a seguir al final. 
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Aquí tienes una refactorización para tu revisión; esta podría funcionar mejor para permitir que cualquier hoja de estilos use o actualice las variables:
OK, ya lo he comprendido un poco mejor: actualmente, todas las variables definidas aquí pueden ser leídas por temas y complementos, pero no se pueden escribir nuevos valores, ya que cada hoja de estilos se compila por separado. Agregar propiedades personalizadas de CSS permite que los temas y complementos anulen las variables dinámicamente, y todas las hojas de estilos dependientes adoptan los nuevos valores. 
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¡Hola @bekircem! Con lo anterior ya fusionado, ahora puedes agregar un tema que anule las variables de fuente base redefiniendo las propiedades de CSS (del lado del cliente) de la siguiente manera:
// probablemente no debas usar estos valores, pero puedes tener una idea:
:root {
--font-down-1: 0.8em;
--font-0: 2em;
--font-up-1: 3em;
--font-up-2: 4em;
}
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