Se você estiver satisfeito com as mudanças relativas nos tamanhos das fontes, basta definir um tamanho de fonte diferente no elemento :root, e os ems serão ajustados automaticamente para corresponder.
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Estou perdendo algo, ou isso é apenas uma questão de não querer dar uma ‘armadilha’ para temas/plugins? Declarar todas essas variáveis com !default parece ser uma maneira fácil de permitir a sobrescrita delas.
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Não acredito que funcionasse antes porque os estilos principais eram compilados antes que um tema pudesse sobrescrevê-los? Pelo menos para as cores era assim… Sei que algumas coisas sobre como compilamos SCSS mudaram, então talvez isso não seja mais um problema?
Também podemos mudar essas definições para propriedades CSS personalizadas, como fizemos com as cores, se !default não for suficiente.
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Derp, isso mesmo. Parece que as propriedades personalizadas são realmente o caminho certo a seguir! 
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Aqui está uma refatoração para sua revisão; esta pode funcionar melhor para permitir que qualquer folha de estilo use ou atualize as variáveis:
OK, entendi um pouco melhor agora — Atualmente, todas as variáveis definidas aqui podem ser lidas por temas/plugins, mas não é possível escrever novos valores, pois cada folha de estilo é compilada separadamente. Adicionar propriedades CSS personalizadas permite que temas/plugins substituam as variáveis dinamicamente, e todas as folhas de estilo dependentes passam a adotar os novos valores. 
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Olá @bekircem, com a alteração acima mesclada, agora você pode adicionar um tema que substitua as variáveis de fonte base redefinindo as propriedades CSS (do lado do cliente) da seguinte forma:
// provavelmente não use esses valores, mas você pode entender a ideia aqui:
:root {
--font-down-1: 0.8em;
--font-0: 2em;
--font-up-1: 3em;
--font-up-2: 4em;
}
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