Como resolver o problema de todo o tráfego aparecer como vindo do servidor Cloudflare, em vez do IP do navegador do usuário

Você já implementou isso?

https://support.cpanel.net/hc/en-us/articles/360051107513-How-to-restore-visitors-IP-with-mod-remoteip#:~:text=The%20Apache%20mod_remoteip%20module%20restores%20the%20original,instead%20of%20the%20original%20visitor’s%20IP%20address.

Esta é a correção para o Apache usar o IP do usuário final em vez do endereço IP do Cloudflare.