Cómo solucionar que todo el tráfico aparezca como proveniente del servidor de Cloudflare en lugar de la IP del navegador del usuario

Así que es una restricción técnica introducida por 1panel.

¿Estás ejecutando varios servidores o solo Discourse en el VPS? Si solo estás ejecutando Discourse, probablemente no necesites 1panel. A menos que haya una razón técnica por la que necesites 1panel.

Mi Discourse está instalado de forma nativa en un VPS detrás de Cloudflare. Esta configuración funciona.