Como resolver o problema de todo o tráfego aparecer como vindo do servidor Cloudflare, em vez do IP do navegador do usuário

Então, é uma limitação técnica introduzida pelo 1panel.

Você está executando vários servidores ou apenas o Discourse no VPS? Se estiver executando apenas o Discourse, provavelmente não precisa do 1panel, a menos que haja um motivo técnico para usá-lo.

Meu Discourse é nativo em um VPS atrás do Cloudflare. Essa configuração funciona.