Não tenho muita certeza, mas recomendo que você coloque suas configurações do S3 em variáveis de ambiente, conforme descrito em Configurar um provedor de armazenamento de objetos compatível com S3 para uploads. É provável que você tenha problemas para restaurar um backup com as configurações no banco de dados.
Além disso, se você as tiver em app.yml e tiver o backup no S3, precisará apenas do arquivo yml para configurar um novo servidor e restaurar o banco de dados.
Se possível, compartilhar um tópico onde você tem esse problema dará a alguém que está tentando ver o que está acontecendo muito mais informações. Se o seu site for público, a única coisa que você precisa ocultar são suas chaves, que já estão ocultas.