同じ問題が発生しているようです。2.7.0.beta5 (6c57f6f49d) に更新したところ、テーマコンポーネントでカラー schemes が適用されなくなりました。
当方では以下を使用しています：
#meta-links {
background-color: $header_background;
}
しかし、背景色がカラー schemes で定義された色ではなく #fff になっていました。
以下の試みを行いましたが、効果はありませんでした：
- カラー schemes のテーマへの再割り当て
- カラー schemes のコピーを作成し、それをテーマに割り当て
- テーマコンポーネントのテーマへの再割り当て
現在の回避策は、CSS で色を手動で設定することです。