Grazie per la risposta rapida @michaeld. Ci proverò più tardi oggi 
Per chiunque fosse interessato e volesse farlo in PHP, ho utilizzato una libreria Composer chiamata base62 by tuupola.
Questo è il codice che ho usato:
<?php
$base62 = new Tuupola\Base62(["characters" => Tuupola\Base62::INVERTED]);
/** Imposta il nome del file originale, escludendo eventuali estensioni */
$s = "r3AYqESanERjladb4vBB7VsMBm6";
/** Decodifica, converti in esadecimale */
$decoded = $base62->decode($s);
/** Risultato atteso: bda2c513e1da04f7b4e99230851ea2aafeb8cc4e */
echo bin2hex($decoded);