Con respecto a 1?, esos son nombres de alias de tabla.
¿Ves la línea FROM user_stats st? Eso le dice a la consulta que st es la abreviatura de la tabla user_stats.
Lo mismo ocurre en la declaración JOIN donde dice users u. Está diciendo que en la consulta u es un alias de la tabla users en esa consulta. Los alias se utilizan para simplificar las consultas y usar menos escritura, lo que reduce las posibilidades de errores.
Con respecto a 3, si habilita esa opción, si un usuario ya no califica para una insignia según la consulta, se eliminará la insignia de su cuenta.