カスタム絵文字は、一部のページでS3に保存されたアセットにCDNを使用していません

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なるほどですね。実際に投稿すると、その中で絵文字が正しく表示されます。

Retort プラグインの修正が管理画面の修正と類似している場合、私の Discourse インスタンスでカスタムリアクション絵文字が広く使われているため、プラグインの修正を試してみようかと思います。