APIで編集可能で、ユーザーからは非表示のカスタムユーザーフィールド?

それをどのように行うのかよくわかりませんが、その問題を解決するために DiscourseConnect を確認することができます。または、カスタムプラグイン(セルフホストまたはエンタープライズの場合)が望ましいかもしれません。

API で行うことと同じように、API を使用してユーザーノートをポピュレートできます。