Alternância de modo escuro/claro apresenta resultados mistos quando as configurações do sistema operacional não correspondem às configurações da alternância

[RGJ (Richard - Communiteq)]

O prefers-color-scheme considera apenas o modo do SO e os esquemas de cores.
Para que o seletor de cores da interface funcione corretamente para cores que não são de esquema de cores e outros valores CSS, você deve sempre usar dark-light-choose como explicado aqui Update themes and plugins to support automatic dark mode - #5 by pmusaraj