Solo para confirmar, ¿estás usando el interruptor de Claro/Oscuro en el núcleo o el antiguo Theme component?
Además, hay logotipos claros y oscuros para escritorio y móvil.
Si estás en móvil, es posible que necesites subir los 2 logotipos en el logo móvil en esa página en tu foto. si no me equivoco; si no se ha subido ningún logo, se usará el logo principal (el primero en tu foto) para los logotipos no subidos.