Version thème sombre qui hérite du thème clair + remplace certaines parties ?

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Cela devrait être common/color_definitions.scss.

Et dans common.css, les valeurs de repli sont identiques à la valeur initiale, vous pouvez donc simplement utiliser :

.nav-pills>li>a:hover {
  background-color: var(--custom-nav-pills-bg);

  &:not(.active) {
    color: var(--custom-nav-pills);
  }
}