Versione dark theme che eredita light theme + sovrascrive parti?

Dovrebbe essere common/color_definitions.scss.

E in common.css, i fallback sono gli stessi del valore iniziale, quindi puoi semplicemente usare:

.nav-pills>li>a:hover {
  background-color: var(--custom-nav-pills-bg);

  &:not(.active) {
    color: var(--custom-nav-pills);
  }
}